Seit August 2008 ist die Pestalozzischule Ennigerloh durch die Bezirksregierung Münster zum Kompetenzzentrum für sonderpädagogische Förderung ernannt worden und nimmt als eine von 20 Förderschulen im Land NRW an einem Pilotprojekt teil. Ziel dieses Projektes ist es, Kinder und Jugendliche durch die Vernetzung der Handlungsfelder Diagnostik, Beratung, Prävention und Unterricht frühzeitig und gezielt fördern zu können. Entwicklungsstörungen von Kindern sollen sich nicht erst zu einem sonderpädagogischen Förderbedarf verfestigen, sondern in Zusammenarbeit mit den Grundschulen effektiv und dem Förderbedarf des Kindes entsprechend aufgearbeitet werden. Dazu können Sonderpädagogen der Pestalozzischule für mehrere Stunden in der Woche in der Grundschule eingesetzt werden. Dort beobachten sie mit Einwilligung der Eltern Kinder mit Entwicklungsbedarfen, beraten Eltern und Lehrkräfte über mögliche Fördermaßnahmen, stellen Kontakte zu außerschulischen Institutionen und Fachleuten her und fördern die Kinder entsprechend ihres Förderbedarfes. Als Verbundschule ist die Pestalozzischule zuständig für die Förderschwerpunkte Lernen, emotionale und soziale Entwicklung sowie Sprache.
Die enge Zusammenarbeit mit den Kollegen der Pestalozzischule und der Mosaikschule wird als sehr positiv angesehen und hat schon oft zu größerem schulischen Erfolg der beteiligten Kinder geführt.